Pada sesi yang berlangsung Sabtu (12/10/2013) siang di sirkuit Sepang, Marquez menjadi yang tercepat di menit terakhir. Catatan waktunya, 2 menit 00,11 detik, bahkan menjadi sebuah rekor lap.
Kemenangan Marquez itu sekaligus menutup jalan buat Valentino Rossi untuk memenangi sesi kualifikasi untuk pertama kalinya dalam tiga tahun. The Doctorharus rela start nomor dua pada balapan hari Minggu besok.
Tempat ketiga diduduki Cal Crutchlow, sedangkan posisi keempat diisi Jorge Lorenzo. Dani Pedrosa yang memenangi tiga sesi latihan bebas, mengalami antiklimaks dan hanya berada di peringkat kelima.
Hasil kualifikasi MotoGP Malaysia:
1. Marc Marquez Honda 2m00.011s
2. Valentino Rossi Yamaha +0.325s
3. Cal Crutchlow Tech 3 Yamaha +0.348s
4. Jorge Lorenzo Yamahab+0.567s
5. Dani Pedrosa Honda +0.681s
6. Alvaro Bautista Gresini Honda +0.963s
7. Bradley Smith Tech 3 Yamaha +1.295s
8. Andrea Dovizioso Ducati +1.624s
9. Aleix Espargaro Aspar Aprilia +2.140s
10. Andrea Iannone Pramac Ducati +2.525s
11. Nicky Hayden Ducati +2.889s
12. Stefan Bradl LCR Honda +1.072s
13. Colin Edwards Forward FTR-Kawasaki +2.847s
14. Claudio Corti Forward FTR-Kawasaki +3.164s
15. Hector Barbera Avintia FTR-Kawasaki +3.201s
16. Hiroshi Aoyama Avintia FTR-Kawasaki +3.407s
17. Yonny Hernandez Pramac Ducati +3.640s
18. Randy de Puniet Aspar Aprilia +3.794s
19. Michael Laverty PBM Aprilia +4.187s
20. Danilo Petrucci Ioda-Suter-BMW +4.299s
21. Luca Scassa Cardion Aprilia +5.188s
22. Bryan Staring Gresini FTR-Honda +6.027s
23. Lukas Pesek Ioda-Suter-BMW +6.192s
24. Damian Cudlin PBM-Aprilia +6.262s